非結核性抗酸菌症は，中高年の女性を中心に患者数が増えてきている慢性呼吸器感染症である．診療ガイドラインに沿って，その診断自体は容易となり，標準薬物治療のレジメンも提示されている．しかし，病状の進行や薬物治療に対する効果は症例毎に異なり，治療の開始時期や期間についての見解は未だ確立されていない．本稿では，このような臨床状況を概説した上で，菌の遺伝子解析を診療に応用する新たな試みについて紹介する．